16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手是的,我是两条链都测序,就是生工所谓的“测通”。现在就是不知道怎样拼接,因为我两条分别去blast结果有很大的

来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/03/29 22:14:48
16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手是的,我是两条链都测序,就是生工所谓的“测通”。现在就是不知道怎样拼接,因为我两条分别去blast结果有很大的

16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手是的,我是两条链都测序,就是生工所谓的“测通”。现在就是不知道怎样拼接,因为我两条分别去blast结果有很大的
16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手
是的,我是两条链都测序,就是生工所谓的“测通”。现在就是不知道怎样拼接,
因为我两条分别去blast结果有很大的差异,如果能够帮两条链的重复部分拿去blast比对的话,这样不就更准确了吗,
经过“littlexueyang”的赐教我懂得了。
呵呵,刚刚搞定了,就是先用DNAman的sequence assembly直接导入两个序列,然后点击拼接,最后export序列就能够拼接成功。最后再blast。哈哈。

16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手是的,我是两条链都测序,就是生工所谓的“测通”。现在就是不知道怎样拼接,因为我两条分别去blast结果有很大的
双向测序得到的两个序列如果有重叠区的话,那么可以做拼接.另外NCBI的blastn可以做两个序列的比较,通过blastn比较可以看两个序列有没有重叠序列.
做拼接有专门的软件,如DNAstar里面的SeqMan,VectorNTI里的contigexpress,DNAman里面的sequence assembly都是可以做拼接的.
如果你把克隆的16srDNA克隆到载体上测序的,那需要先把载体序列去掉才能拼接,如果是PCR产物直接测序,那可以直接做拼接.另外,最好把测序长度超过800bp的序列也剔除掉,因为在一个测序反应里超过800bp的序列测序准确率低,可以参照测序峰图剔除测序差的序列.载体序列和测序差的序列都会影响到拼接.
软件的使用比较简单,把你的序列文件做成fasta格式输入就可以.
最后拼接得到的consensus序列可以输出到文本.

啦啦啦~啦啦啦~啦啦~啦啦啦啦!

2条是双向测序吗?我当时做的都是单向的。。你的序列多长?个人觉得,都比对下也行吧,不过要选中类似“check if it is a reverse sequence"之类的复选框,两条比对的结果至少在相似性最高的几项里应该会有同样的物种吧?

16srDNA 测出的两条序列都要比对吗?详细最好了(整个鉴定流程)!我是新手是的,我是两条链都测序,就是生工所谓的“测通”。现在就是不知道怎样拼接,因为我两条分别去blast结果有很大的 请问细菌16SRDNA 测序,测出来的序列里面找不到引物,序列还可靠吗?我做了细菌16SRDNA 测序,但是测序后拼接引物后找不到引物,测出来的序列是对的吗 关于DNA序列在NCBI上比对的问题1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?2.请大概说一下,我想知道是什么菌, 关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如下 细菌16S rDNA 序列比对,菌种鉴定中,已测出待定菌种的16SrDNA序列.那么:1、在NCBI上比对时,有三个属的多个已知菌种与新菌匹配率都95%以上,值最高的那个属其实真的在预料之外,而且文献中也没 测出来的序列里找不到pcr 引物序列我用16srdna鉴定细菌,拼出来的序列里面找不到PCR引物序列,有没有可能会影响结果.这个序列到底是不是鉴定菌的序列啊 怎样在genebank查找16SrDNA序列我想设计16SrDNA的引物,但是找不到16SrDNA的序列,genebank中都是16SrRNA的序列,我是新手, 什么是 16SrDNA (rRNA)序列分析谢谢~! Clustalx是多条序列比对软件,为什么需要设置两条序列比对的参数? 16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我 有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?从土壤中分离了大量的解磷细菌,测得了16SrDNA的序列.想知道其分类地位,看我的土样中到底都是些什么属种的解磷细菌.因为量比较多,没法一个一 16SrDNA与16SrRNA的区别在NCBI上找一细菌的16SrDNA序列,用来做同源性分析,查到的都是16SrRNA序列信息,该怎么操作啊?请教在NCBI上同源性分析的具体步骤,着急, 得到菌株的16SrDNA序列后,怎么鉴定菌株的分类地位?我从土壤中分离出来一些细菌,要鉴定它们是什么种,并最后构建系统发育树.我把这些菌株制备了菌液,并做了16SrDNA的扩增,现在得到了序列.拿 您说的这个引物是所有细菌的都可以用?还是用于肠杆菌科的?还是用于芽孢杆菌的?有可以鉴定所有细菌16SrDNA的全长序列吗? 1.Clustalx是多条序列比对软件,为什么需要设置两条序列比对的参数? 2.Clustalx是多条序列比对软件,为什么需要设置两条序列比对的参数? 16SrDNA怎样转化成16SrRNA我的序列是16srdna的,ncbi上都是16srrna,需要转换过来吗?可以直接拿来就blast么 细菌的18srDNA是怎么回事啊,和16srDNA有什么区别,老师让我测18的,可是一点头绪都没有,