作业帮有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?从土壤中分离了大量的解磷细菌,测得了16SrDNA的序列.想知道其分类地位,看我的土样中到底都是些什么属种的解磷细菌.因为量比较多,没法一个一
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/04/29 04:25:21
有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?从土壤中分离了大量的解磷细菌,测得了16SrDNA的序列.想知道其分类地位,看我的土样中到底都是些什么属种的解磷细菌.因为量比较多,没法一个一
有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?
从土壤中分离了大量的解磷细菌,测得了16SrDNA的序列.想知道其分类地位,看我的土样中到底都是些什么属种的解磷细菌.因为量比较多,没法一个一个做形态鉴定.老师建议说,可以先把所有的序列拿来做一个系统发育树,说是系统发育树会把同一个属的分成一簇一簇的,然后就可以从每簇中选取一到两个做形态鉴定,这样可以快一些,知道该簇是什么属,但是没法鉴定到种.我自己本来没有做过,一点都不懂.其实我本来是想把所有的鉴定到种的.如果按我老师给的方法做的话,不知道这个系统发育树该怎么建呢?要用什么软件?恳请懂的人帮帮忙,尽量说的详细些,因为我是菜鸟.
感激不尽.
有了16SrDNA的序列,构建系统发育树要怎么做啊?从土壤中分离了大量的解磷细菌,测得了16SrDNA的序列.想知道其分类地位,看我的土样中到底都是些什么属种的解磷细菌.因为量比较多,没法一个一
我只知道大致的方法,还望大牛指正
先用Clustal或者MUSCLE把序列做对位处理（可能需要用GBLOCKS从中获取有效的序列）.如果只想知道大致的结构（比如像你这样需要用于帮助分类）,可以用Clustal或者Phylip里的NJ树会比较快.否则的话,需要选取合适的构造算法及模型（比如比较常见的ML法和Bayesian法）.下面两个连接可以参考一下,不过里面还是有很多复杂的东西.如果你对此完全没概念的话,最好找些做进化或者生物信息的同学参考一下.
http://blog.sina.com.cn/s/blog_59b2eb470100del6.html
http://abc.cbi.pku.edu.cn/lectures/caas08f1c.pdf
另外,如果你已经有了这些序列,建议你去NCBI看看.我记得那里有批量BLAST的工具,可能不需要构树,应该也会对你有帮助.